Nach ihrem Einsatz auf Zebes, in dem sie im Alleingang Mother Brain und den Weltraumpiraten das Handwerk legte, bekommt Kopfgeldjägerin Samus Aran einen neuen Auftrag von der Galaktischen Föderation. Sie soll auf dem Planeten SR388 die Quelle der Metroids, einer Spezies gefährlicher Parasiten, ausfindig machen und restlos vernichten. Kein leichtes Unterfangen, aber wenn jemand in der Galaxis das Zeug dazu hat, dann ist es Samus.
Nach Ende des Intros wird klar, dass ihr nicht mehr auf dem selben SR388 seid, den ihr von den monochromen Game Boy-Grafiken kennt. Bereits der Eingang in die Katakomben unter der Oberfläche ist kaum wiederzuerkennen, wenn man die beiden Fassungen miteinander vergleicht. Alle Charaktermodelle und Locations sind von Grund auf in 3D von Entwickler Mercury Steam neu erstellt worden - die 25 Jahre grafischen Fortschritts sind deutlich zu spüren.
Ihr steuert Samus nach wie vor auf einer zweidimensionalen Ebene, Kameraschwenks gibt es nur in den gelegentlichen Cutscenes. Die Areale werden überwiegend von Aliens bewohnt, die unserer Heldin ans Leder wollen und mit der Armkanone unschädlich gemacht werden sollten. Mit dem X-Knopf kann Samus jetzt eine Nahkampfattacke ausführen, mit der ihr im richtigen Moment gegnerische Angriffe zurückschlagen könnt. Die Betonung liegt auf dem richtigen Moment, nach einem erfolgreichen Konter sind die Kreaturen kurzzeitig benommen.
Mit dem Analog-Schiebepad bewegt ihr Samus und könnt in acht verschiedene Richtungen die Kanone neigen. Mit L startet ihr die freie Zielführung, mit der sich der Winkel genau justieren lässt. Zu guter Letzt könnt ihr mit dem R-Knopf unkompliziert zwischen den Beam-Waffen und Raketen wählen. Die richtige Waffe ist nicht nur bei Begegnung mit Gegnern von Nöten, sondern auch zur Fortbewegung, denn manche Türen lassen sich nur durch Beschuss mit der passenden Bewaffnung öffnen.
